一年之后，即隆庆三年（1569），了凡先生回到南京入当时的高等学府国子监读书。南京乃“六朝佳丽地，金陵帝王州”，是东南形胜，亦是人文荟萃的文化中心。了凡先生此时对于读书进取已经丝毫不起心动念，他更关注的是人生观如何为继的问题，所以他到南京后先行去拜望了当时的佛门高僧云谷禅师。之前与孔先生是偶遇，而此次见云谷禅师则是专访，冥冥中还是与佛有缘，其实是人具备了怎样的气禀就会遇到什么样的人和事。
云谷乃禅师的号，其法名为“法会”，明代憨山德清曾经撰有《云谷大师传》。大师早有异志，十九岁便开始行脚参方，遍访名师问道，于道济禅师处受教，修习天台小止观法门。道济禅师指点他：“止观之要，不依身心气息，内外脱然。子之所修，流于下乘，岂西来的意耶？学道必以悟心为主。”说的是不必拘于禅定，而应终于心悟。云谷禅师也曾一度执迷于道济禅师的教化之语，日夜参究，废寝忘食。一天吃饭时连自己吃完了也不知道，一不留神碗掉在地上，当下顿悟，一切放下，放下执着、放下量、放下分别、放下言语，回归本心自性了。
云谷大师所住栖霞山，古称摄山，因山上多珍贵草药，有利于人摄之养生，故而得名。梁朝时武帝曾于栖霞山开凿千佛岭，后来日渐荒废。云谷大师爱其环境幽深，入山修行。后来云谷禅师名声不胫而走，声震金陵。在当地名流和官员们的助益下，栖霞道场得以恢复。以后的栖霞寺也成为东南古刹，名动一方。
云谷大师此时却隐居于栖霞山深处一个叫“天开岩”的地方，一如既往地清修，对待大众往往以参话头来接引，遇到前来拜访者，往往丢一蒲团请其参“父母未生前本来面目”。这种公案在后期禅宗留存的大量语录中屡见不鲜。如问的最多的有“何为佛祖西来意”、“所传之法为何”等。就如同学生追问老师什么是唯一正确的标准答案，其实是拘泥于答案本身。《金刚经》正是教人要扫相破执，《六祖坛经》中南宗禅的思想也是要明心见性。作为一种思维方法，禅宗哲学是引导人去全面整体地把握事物的本质，而非停留于表面。所以佛家让人要无分别心，不起心动念分别，直视事物本来面目。将生命回归到“父母未生前”的湛然空寂，老子《道德经》中也有相类似的思想存在。
了凡先生去参访云谷禅师，由于心如死灰，了无生趣，所以他与云谷禅师一间房间里相对而坐，接连三天三夜都没有合眼，也未曾说过一句话，颇似禅家所说的“不倒单”，仿佛有着高深的道行。
了凡先生之以在燕都能终日静坐，此时又能三昼夜不合眼，可以推论他于静坐上是修学有年的，加之在认识云谷禅师之后，又精研天台禅定之学，以至后来总结自己的心得著成《静坐要诀》一书。该书分为《辨志篇第一》、《豫行篇第二》、《修证篇第三》、《调息篇第四》、《遣欲篇第五》和《广爱篇第六》。《辨志篇第一》中说要学静坐，先要认清自己的动机：如果是为名闻利养，那就种下地狱的因；为聪明胜人，那就种阿修罗的因；为畏苦报，那就种人天的因；为疾得涅，那就种小乘的因。所以最好是为了普度众生而静坐。《豫行篇第二》中说要使静坐达到各种禅定成就，首先是要能持戒，使身心清净，罪业消除，如果只因自感恶业深重而自暴自弃，则可以从观心入手，了解此心毕竟空寂，一切诸罪，根本性空。可以发起大悲心，代一切众生忏悔无量无边重罪，还可以从《华严经》的观点求身心不可得，则戒亦不可得而不住于戒。《修证篇第三》除了介绍一般静坐要领外，提到静中种种奇特光景都要识破。《调息篇第四》简明扼要地描述了修行的次第。《遣欲篇第五》介绍了不净观。《广爱篇第六》则绍述了四无量心，即慈悲喜舍（一为慈无量心，即能与乐之心。二是悲无量心，能拔苦之心。三喜无量心，见人离苦得乐生庆悦之心。四舍无量心，如上述三心舍之而心不存着）。此四心普缘无量众生，引无量之福，故名无量心。
云谷问曰：“凡人所以不得作圣者，只为妄念相缠耳。汝坐三日，不见起一妄念，何也？”
圣者：圣人。《中庸·素隐章》：“君子依乎中庸，遁世不见，知而不悔，唯圣者能之。”意思是，君子始终依靠中庸之道，即使避开人世，不为人所知，也一点不懊悔，这只有圣人才能做得到。
妄念：虚妄的意念。佛教意为凡夫贪着六尘境界的心。
云谷禅师问我说：“普通人之所以不能成为圣贤之人，都只因有过分的贪念纠缠。你坐了三天，却没有起一丝贪念，这是什么缘故呢？”
【点评】
云谷禅师对此颇为惊异，认为了凡先生悟性极高，定力非凡。于是便问道：“凡夫俗子们之所以不能成佛称圣，就是因为妄想、了别、执着等念头纠缠于心，无法止定，而你在这里整整静坐了三天三夜，不见你起心动念，这是什么原因呢？”所以佛陀可以是圣人，圣人即是对宇宙人生的真相以及事物的因果道理通达明了的人。佛教称释迦牟尼为“觉者”，就是觉悟了的人，佛陀觉悟了万法无自性，从缘而起。觉悟了生死轮转不息，截断生死之流，而实无生灭。佛陀是以智慧得解脱的觉悟了的人，是人而非神。凡夫对于宇宙人生是迷误的，佛教提倡觉悟人生、智慧了脱。儒家也强调内圣外王，但儒家也不轻言称圣。孔子就很谦逊，他的弟子子贡在他生前称赞他是“固天纵之将圣”（《论语·子罕》），说上天注定要孔子成为圣人，孔子却否认这种说法。孔子罕言圣，也轻易不称人以仁，《论语·公冶长》中孟武伯问孔子，子路、冉求、公西赤有没有仁德。孔子说仲由可以负责兵役和军政工作，但至于他有没有仁德不知道，“由也，千乘之国，可使其治其赋也，不知其仁也”；冉求可以做千户人口的县长、百辆兵车大夫的总管，但有没有仁德不晓得，“求也，千室之邑，百乘之家，可使为之宰也，不知其仁也”；公西赤可以穿着礼服立于朝廷之上接待外宾，办理交涉，至于他有没有仁德也不晓得，“赤也，束带立于朝，可使与宾客言也，不知其仁也”。可见孔子对其弟子一一加以褒扬和点评之后，对于是否可以称仁这一点还是谨慎和缄默的。因为成为圣人是要对内心进行修炼的事情，绝非外在技能或技艺达到多高超的水准的问题。
佛教认为妄念即是虚妄不实的心念，亦即无明或迷妄之执念。此系因凡夫心生迷误，不知一切法的真实之义，内心时时刻刻遍计构画、颠倒妄想，产生迷误虚妄情境，生出错误思考和心念。据《大乘起信论》载，此妄念能搅动平等之真如海，而现出万象差别之波浪，若能远离，则得入觉悟之境界。所以说妄念是我们心中不断升起和牵扯的念头。念念不断、烦恼无尽。如果能追溯到烦恼妄念产生的源头，我们定会会心而笑，因为原本是空无一物，庸人自扰之。
余曰：“吾为孔先生算定，荣辱生死，皆有定数，即要妄想，亦无可妄想。”云谷笑曰：“我待汝是豪杰，原来只是凡夫。”
